大崎娜娜（朴璐美配音），心怀音乐梦的朋克女青年，曾在家乡和男友本城莲（木内秀信配音）、好友高木泰（川原庆久配音）、寺岛伸夫（关智一配音）合组乐队BlackStones，后因莲被当红乐队Trapnest挖角到东京发展，二人被迫分手。时隔两年，娜娜也决定前往东京， 找来泰和伸夫重整BlackStones旗鼓，誓要和莲的Trapnest一拼高下。小松奈奈（KAORI配音），永远沉浸在恋爱梦中的不靠谱小镇...

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 　　在结束了在成都地区的旅行后小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 　　在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行...

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的...

正在进行修业之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）、小遥（KAORI配音）和小正（山田ふしぎ配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪...